A vocação educacional da UniFil, inicia-se na base da educação no ano de 1945, com a aquisição do Ginásio Londrinense pelo professor Zaqueu de Melo e implantação do Colégio Londrinense, mantido pelo Instituto Filadélfia de Londrina – IFL, associação civil e religiosa, pessoa jurídica de direito privado sem fins lucrativos, de caráter filantrópico. 

Em 1972, o Instituto Filadélfia de Londrina – IFL, já consolidado e reconhecido pelo compromisso com a qualidade de ensino, obteve o credenciamento do Centro de Estudos Superiores de Londrina – CESULON, pelo Decreto Federal no 70.939, de 04/08/1972, publicado no DOU de 07/08/1972, com autorização para oferecer os seguintes cursos de graduação: Ciências Sociais, Matemática, Pedagogia e Psicologia, este último é ofertado até hoje. 

A partir de sua implantação, o CESULON ampliou constantemente a área de sua atuação acadêmica, ensejando a criação de novos cursos superiores. Assim, na década de 1980, passou a contar com os seguintes cursos de graduação: Enfermagem, Arquitetura e Urbanismo, Tecnologia em Processamento de Dados e Nutrição. E em 1985, estruturou-se a Coordenação de Pós-Graduação, passando o CESULON a oferecer cursos de pós-graduação lato sensu. 

Na década de 90, novos cursos de graduação foram criados, ampliando as possibilidades de formação em nível superior oferecidas pelo CESULON, são eles: Ciências Contábeis, Administração e Ciências Biológica. 

No ano de 2001, o CESULON foi credenciado como Centro Universitário Filadélfia – UniFil, mediante o Decreto Presidencial de 24/04/2001 (sem número), publicado no DOU de 25/04/2001, expandindo ainda mais seu portfólio de cursos e a partir de então, sua estrutura acadêmica administrativa foi delineada, sendo composta, inicialmente, por quatro Pró-Reitorias: Pró-Reitoria de Ensino de Graduação, Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação, Pró-Reitoria de Extensão e Assuntos Comunitários e Pró-Reitoria Administrativa. 

Em 2007, o Centro Universitário Filadélfia foi recredenciado pela Portaria MEC no 814, de 24/08/2007, publicada no DOU de 27/08/2007, com conceito Institucional 4.

No ano de 2008, inicia-se o processo de virtualização do ensino na UniFil, através do NUCLEAD, criado pela Resolução CONSUNI no 0005/2008, foi reestruturado em 2009, e passou a ser denominado de UniFil VIRTUAL, a Resolução CONSEPE no 027/2010 Fixa Normas para a Oferta de Disciplinas com Recursos Tecnológicos (modalidade semipresencial) nos Cursos Reconhecidos da UniFil.

Com base no decreto federal que autorizava as instituições privadas, devidamente habilitadas pelo Ministério da Educação, a serem ofertantes dos cursos do Programa Nacional de Acesso ao Ensino Técnico e Emprego (PRONATEC), criado pelo Governo Federal, em 2011, por meio da Lei nº 11.513/2011, em 2013 foi criada UniFil Técnicos.

Em 2015 ocorre o credenciamento da UniFil EaD, através da Portaria MEC nº 161, de 03 de março de 2015, publicada no DOU de 04 de março de 2015, com conceito Institucional 5. Neste mesmo ano a UniFil recebe as primeiras validações de CBOs (CBO – Classificação Brasileira de Ocupação), passando a ofertar 21 Cursos de Aprendizagem do Ministério do Trabalho.

No ano de 2016 novamente a Instituição recebe visita para o seu recredenciamento e mantém o conceito Institucional 4 obtido também em 2007, parecer homologado através da Portaria MEC nº 84 de 18 de janeiro de 2017, publicada no DOU de 19/01/2017. 

Com a publicação da Portaria Normativa Nº – 11, de 20 de junho de 2017, no DOU de 21/06/2017, especificamente o Art. 12, a UniFil inicia seu projeto de expansão da EaD, através de parcerias para implantação de Polos de Apoio Presencial. E também em 2017 a UniFil recebe as primeiras validações do Programa de Aprendizagem para Atletas, viabilizando 11 cursos.